Суть проблемы:

есть файл include.php, в котором делается require_once(…) двадцати других php файлов с классами.
Разница времени между первым require_once и последним может колебаться от 4 секунд до 20 секунд.

Если поставить временные метки после каждого require_once, иногда оказывается, что какой-то файл подключается 4 секунды.

Кто-нибудь сталкивался с подобной аномалией?
Хостинг Masterhost, тариф "Эффективный, Unix".

Время меняется произвольно или тормозит именно на конкретных файлах?

Произвольно. От 0.2 секунд до 10 секунд. Проверял через host-tracker.com.

Проведи эксперимент: вручную собери из них один цельный включаемый файл и посмотри, как это повлияет на скорость. Есть подозрение на перегрузку файловой системы.

Перегрузка имела место быть. Деталей не знаю, но после пинка хостера и проведения (по его словам) "профилактических работ" все зашевелилось весьма шустро.