Perl скрипт работает с cookie и должен подключаться (внедряться если угодно) в HTML страницу. SSI в данном случае не подходит - cookie
Как это можно корректно сделать??

Прошу прощения за некомпетентность, cookie с SSI работают

[Петр], увы если Перл + ССИ, то заголовки раньше приходят

выдавай перлом яваскурипт, который и будет ставить куку.