Сохрани где-нибудь верхний уровень и от него пляши. Видимо так и делаешь, но может где очепятался, поэтому лучше это делать автоматом: getcwd(); Еще посоветую вывести окончательную строчку, подсовываемую в include, на экран для проверки (если идет конкатенация строк, всегда где-нибудь может получиться такой вариант: /home/user/project/api/../api/script.php). Если ошибки не из этой области, тогда тормоши провайдера, зря они там что-ли штаны протирают?!
