Проблема в следующем: открывается какой-то урезанный InDesign.
Панели Tools нет. Да вообще из вкладки Windows осталось только Pathfinder!
Может это какой нибудь безопасный режим?
Я бы порылся в настройках, но и они урезанные))
Переустанавливал, не помогло((

была похожая проблема с иллюстратором CS пару раз. Пропадали эффекты в меню.
Переустановка не помогала (диски лицензионные).
Переставил винду и все ОК.

Проблему решил. Оказалось отключены плагины (configure plugins).