1. цвет для лака задать как spot, в качестве cmyk-эквивалента выбрать что-нибудь светленькое (10% желтого к примеру). Покрасить все лакированные объекты 100% этого спота.
2. на все объекты лака положить overprint через палитру attributes
3. смотреть верстку в режиме overprint preview (тогда лак "мешать" не будет, а будет напоминать о себе лишь желтой "вуалью" на экране у отлакированных мест.
4. ну и выводить себе что хотите -- хоть композит, хоть сепарации
P.S. Ваша ошибка была в том, что Вы отключили слой со своим лаком и почему-то при этом рассчитывали что он куда-то выведется. нелогично, не правда ли?