туплю и ламерствую...
Вот есть, например ЕПС 10х10 см. в центре, например черный квадрат 5х5 см. Загоняю в дистиллер, на выходе получаю пдф 5х5 см. с квадратом. Незанятое пространство обрезается. В чем мой косяк?

подложить белый или прозрачный квадрат под черный квадрат

Как вариант...