Делаю слою Darken, потом надо слить несколько слоев в один, включая тот что с наложением. После соединения теряется эффект. Как это наложение рендерить по типу эффектов?

сливай в Background

Найдите как и с каким слоем слить. Возможно поможет слить с новым пустым. То, что предлагает Quadro™ годится, но имхо слишком радикально.

залинкуй нужные к слиянию слои и сделай merge linked

eddy444, это не всегда помогает, к сожалению, тоже могут потеряться эффекты... в таких случаях закрываю все слои, которые сливать не надо, а остальным говорю merge visible (хотя, это тоже не панацея)…

Harlamova, Разумеется - все эффекты сначала растризовать в отдельные слои. Ибо у эффектов свои собственные моды наложения, независимые от слоя.
Кроме того, если вы хотите слить слои с разными модами наложения между которыми есть еще слои тоже с различными наложениями - то результат не гарантирован. Потому как картинка прямо зависит от порядка слоев и в случае вышеописанного слияния он меняется принципиально.

eddy444, спасибо за расшифровку, но я имела в виду именно то, что написала... конечно, лучше эффекты сначала перевести в отдельные слои... но иногда действительно достаточно сделать слои, которые сливать не надо, невидимыми, а остальным сделать merge visible...
насчет второго утверждения - полностью согласна (почему и сказала, что этот способ - не панацея и помогает тоже не всегда)