var isInternetExplorer = navigator.appName.indexOf("Microsoft") != -1;

function ***_DoFSCommand(command, args)
   {
      var ***Obj = isInternetExplorer ? document.all.map : document.map;
      if (command == 'YOUR_COMMAND')
      {
          ………..
       }
   }
<script Language="JavaScript" event="FSCommand (command, args)" for="***">
      if (command == 'YOUR_COMMAND')
      {
                           ………..
       }
</script>
function NAME_OF_JS_FUNCTION(parametrs)
{
…
}